Vistaのデフラグは評判が悪いようですね。スケジュール管理ができるようにはなったものの、時間はかかるし、どこまで進んでいるのかが視覚的にわからなくなったため、さらに遅いように感じる、といった理由が多いようです。

そんな人には軽くて速いフリーのデフラグソフトとして定評のある、「JkDefrag」をオススメします。

JkDefragのサイトから最新版（今日現在でv3.6結構頻繁にバージョンアップされてるようで、2007/6/15現在で3.152007/9/12現在でv3.24までいってます。）をダウンロードすればVistaでも使えます（Windows 2000/2003/XP/Vistaに対応）。

インストールは不要で、ダウンロードしたファイルを、わかりやすい名前をつけたフォルダに入れて解凍すればOKです。新しいバージョンをインストールアップグレード（2007/6/22修正）する場合は、同じフォルダに入れて展開するだけです（全部上書きで）。

通常はJkDefragを実行し、デフラグを開始します。

全部で6つの行程を経てデフラグが完了します。

このままだと、すべてのドライブをデフラグすることになりますが、指定したドライブ、あるいはフォルダのみのデフラグ、さらにはデフラグに関するオプションの設定をすることもできます。

そのためには、まずJkDefragのショートカットを作成し、プロパティ画面を開きます。

リンク先には「・・・\JkDefrag.exe」で終了していると思いますが、オプションはその後ろに半角スペースを空けて記述します。
JkDefragCmd.exe [-a N] [-s N ] [-d N] [-l "filename"] [items] ←このようなオプションがあるのですが、主なものだけ紹介すると、

-a N・・・1＝分析のみでデフラグ、最適化は行わない。
　　　　 2＝分析とデフラグのみ、最適化は行わない。
　　　　 3＝分析、デフラグそして速い最適化を行う。（デフォルト）
　　　　 4＝分析、デフラグそしてフル最適化を行う。
＜2007年7月9日追記＞
バージョンアップによりオプションが変わったので書き換えます。
-a N・・・1＝分析のみでFixup、最適化は行わない。
　　　　　2＝分析とFixup、最適化は行わない。
　　　　　3＝分析、Fixupそして速い最適化を行う。（デフォルト）
　　　　　5＝分析、移動できるファイルをすべてディスクの頭に移動させる。
　　　　　6＝分析、すべてのファイルをディスクの後ろに移動させる。
　　　　　7＝分析、名前によるファイルの並び替え（フォルダ、ファイル順）
　　　　　8＝分析、サイズによるファイルの並び替え（小さい順）
　　　　　9＝分析、アクセスによるファイルの並び替え（アクセス順）
　　　　　10＝分析、変更によるファイルの並び替え（古い順）
　　　　　11＝分析、作成時間によるファイルの並び替え（古い順）
（補足）
5はパーティションをリサイズするような場合を対象としています。
6は大きいファイルやめったに使わないファイルがあるフォルダに絞ってデフラグを行う場合が対象となります。

Fixupとは整頓という訳がしっくりいくのでしょうかね。
簡単に言うと、WindowsによるMFT(Master File Table)の予約領域を効率よく再配置する作業です。
<追記ここまで>

items・・ディスクやフォルダなど場所を指定します。「C:」、「D:\Data\Picture」のように。

したがって、上の写真のオプション指定（「･･･JkDefrag.exe D:\Documents\ -a 1」）は、DドライブのDocumentsフォルダを分析のみする、という意味になります。

<2007/9/12追記>
特定のファイルやディレクトリをデフラグの対象外とする時のオプションは以下の通りです。
-e "mask"・・・たとえばJkDefrag -e *.jpg -e *.zip -e *.log、JkDefrag -e D:\MySQL\Data\*

ここではワイルドカード「*」「?」が使えます。
すなわち、オプション「-e *.jpg」をつけた場合、jpgファイルはデフラグの対象外とすることができます。
また、オプション「-e D:\MySQL\Data\*」をつけた場合はDドライブのMySQLフォルダ下のDataフォルダ以下にあるフォルダ、ファイルを対象外とします。

そしてファイルやフォルダ名にスペースが含まれている場合は、「""」ダブルクォーテーションで囲って下さい。
たとえば、-e "C:\Windows\network diagnostic"
<追記ここまで>

その他の設定等はJkDefragのサイトをご覧下さい。（ここで質問してもらっても構いませんヨ）

※途中で終了したい場合は、×をクリックして閉じても問題なく終了するようです。

※デフラグをする前に、ディスクのクリーンアップをすると効果的です。

※デフラグ中に他の作業をすることもできますが、すべての作業ウィンドウを閉じてデフラグのみ行う方がより効果的です。

<2007年7月9日追記>
別のデフラグソフトAuslogics Disk Defragについて記事を書きましたので、良かったらそちらもどうぞ
⇒Windows Vistaでデフラグ2

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